यस कार्यालयका प्रमुख कार्यहरू निम्नानुसार रहेका छन्:

१. आयुर्वेद तथा अन्य उपलब्ध वैकल्पिक चिकित्सा पद्धतिहरूको समन्वित प्रयोगमार्फत गुणस्तरीय, सुरक्षित र व्यक्तिनिष्ठ उपचारात्मक तथा पुनर्स्थापनात्मक स्वास्थ्य सेवा प्रवाह गर्ने।

२. आयुर्वेद अनुसार व्यक्तिको प्रकृतिमा आधारित जीवनशैली व्यवस्थापन, आहार–विहार परामर्श तथा रोग प्रतिरोधात्मक क्षमता अभिवृद्धि सम्बन्धी कार्यक्रमहरू सञ्चालन गर्ने।

३. रोगको रोकथाम तथा स्वास्थ्य प्रवर्द्धनका लागि समुदायस्तरमा जनचेतनामूलक अभियान, तालिम, गोष्ठी तथा स्वास्थ्य शिक्षा कार्यक्रम सञ्चालन गर्ने।

४. डिजिटल प्रणालीमार्फत बिरामीको स्वास्थ्य अभिलेख व्यवस्थापन, अनुगमन तथा निरन्तर परामर्श सेवा  प्रदान गर्ने।

५. जिल्लाभित्र सञ्चालनमा रहेका आयुर्वेद तथा वैकल्पिक चिकित्सा सम्बन्धी निजी स्वास्थ्य संस्थाहरूको दर्ता, नियमन, अनुगमन तथा मूल्याङ्कन गर्ने।

६. पञ्चकर्म, योग, ध्यान तथा अन्य पुनर्स्थापनात्मक सेवामार्फत दीर्घरोग तथा जीवनशैलीजन्य रोगहरूको व्यवस्थापन गर्ने।